VITAE est organisé selon plusieurs axes de travail : les Work-Packages (WP). Ces Work-Packages représentent les étapes nécessaires pour appréhender la complexité du développement d'une viticulture sans pesticides. Ils sont rassemblés selon 3 groupes :
WP1, WP2, WP3 : les innovations techniques
WP4, WP5, WP6 : les innovations systémiques
WP7, aussi appelé Prospective : l'intégration interdisciplinaire et à la valorisation participative auprès des professionnels.